Na Praça da Autonomia, no Funchal, há uns patamares de grandes dimensões, que forma uma espécie de plateia, virada para o antigo pelourinho da cidade. Mas estrutura, minimalista, é o teto de um museu que presta homenagem à arqueologia, o núcleo Museológico Forte de São Filipe.
O espaço recupera as ruínas de um antigo forte e agora, musealizado, expõe objetos que testemunham a vivência comercial e quotidiana da cidade, desde o século XV, ao século XIX. Mas também mostra parte das ruínas e tem uma parte de acesso reservado, onde está recuperada, e a descoberta a primitiva calçada de uma rua do Funchal.
O Forte de São Filipe passou a estar aberto a visitas. É uma viagem à história daquela construção militar, mas também ao modo de vida desta cidade atlântica. Ostenta peças do espólio da Região Autónoma da Madeira, num percurso sinalizado, com informação de apoio.
O forte original localizava-se numa praça entre as fozes das Ribeiras de João Gomes e de Santa Luzia. Essa praça constituía, entre os séculos XVI e XVII, o principal centro do Funchal. Ali estava o pelourinho, símbolo do poder municipal da altura e onde se executava a justiça local.
Em 1572 é determinada a construção de uma muralha desde a Ribeira de São João até à Ribeira de João Gomes e também de uma infraestrutura militar, "estancia", no ângulo formado por esta ribeira e pela muralha frente ao mar.
Segundo alguns autores, a obra terá sido executada pelo mestre-de-obras Reais, Mateus Fernandes. Em 1574 existem as primeiras notícias da construção dessa fortaleza, com a tomada de casas, junto à ponte de Nossa Senhora do Calhau.
Em 1581 o capitão Luis Melo, refere numa missiva para Lisboa, que a nova fortaleza se encontra pronta e artilhada e fornece, inclusive desenhos da estrutura. A fortaleza ocupou o espaço entre as duas ribeiras, João Gomes e Santa Luzia, e com uma bateria virada, claro está para o mar, de onde viriam os atacantes e confrontando, para o lado a vila as casas existentes no Largo. Teria umas pequenas casas para a guarnição e o seu acesso fazia-se por um túnel, aberto em casas, provavelmente preexistentes.
Em 1595, quando Mateus Fernandes, após sair da ilha, escreve uns "Apontamentos" sobre a obra, mencionando que o plano ordenado em 1572 se encontrava feito, ou seja, as muralhas ao longo das ribeiras e as duas fortalezas: a de São Lourenço e de São Filipe. Também refere já a necessidade de alterar algumas das determinações iniciais, relativamente ao número de porta, o que posteriormente se veio a verificar, com a abertura de mais portões, para atualização do sistema defensivo.
Em 1803 devido a uma aluvião dá-se a destruição parcial da fortificação, mas que mesmo assim continua ocupado com elementos do Batalhão de Veteranos. Perdida a sua função militar, no ultimo quartel do século XIX, o forte, já muito degradado, é entregue ao município. Mais tarde são demolidas as restantes estruturas e o local passa a ter outras construções e utilizações.
Os trabalhos de limpeza e remoção de materiais do local, após a aluvião de 2010, põem a descoberto artefactos e estruturas construtivas. Em 2014 foi remontada uma pequena parte da muralha do antigo forte, na ponte da Ribeira de Santa Luzia. Pouco depois nascia a ideia de musealizar a área, o que culminou com o atual núcleo museológico, aberto ao público em novembro de 2025.

